Andøy Havn KF skal ivareta de administrative og forvaltningsmessige oppgaver etter havne- og farvannslovens regelverk og annen lovgiving som gjelder havnesektoren.
Andøy Havn skal sørge for en rasjonell og effektiv havnedrift, tilrettelegge for effektiv og miljøvennlig sjøtransport, føre tilsyn med trafikken i Andøy kommunes havnedistrikt og forvalte Andøy havnekasses eiendommer, innretninger og andre aktiva med sikte på en best mulig ressursutnyttelse for havnens brukere og kommunen.
For å opprettholde og videreutvikle Andøy Havn KF og havnens trafikkgrunnlag, kan Andøy Havn KF engasjere seg i annen havnetilknyttet virksomhet når dette er fordelaktig og hensiktsmessig for Andøy kommunes havnevirksomhet.